Združenje je organizirano tako, da njegove naloge izvršujejo: Skupščina, Upravni odbor, odbori dejavnosti in stalne komisije.
Združenje upravlja najvišji organ organizacije, Skupščina Združenja, ki jo sestavljajo delegati članov Združenja. Skupščina ima predsednika in namestnika in zaseda po potrebi, vendar najmanj enkrat letno.
Konstitutivna seja Skupščine Združenja zdravstvenih zavodov Slovenije je potekala 7. septembra 2021. Na njej so bili v skladu z 10. členom Statuta Združenja zdravstvenih zavodov Slovenije izvoljeni predsednik Skupščine in njegova namestnika.
Predsednik: Dimitrij Klančič, dr. med., spec., Splošna bolnišnica dr. Franca Drganca Nova Gorica
Namestnika: Tomaž Glažar, ZD Idrija, dr. Boštjan Kušar, Slovenija-Transplant
Izvršilni organ Združenja je enajstčlanski Upravni odbor, ki opravlja s statutom določene naloge in zadeve, za katere ga pooblasti Skupščina Združenja.
Upravni odbor sestavljajo:
Predsednica: doc. dr. Milena Kramar Zupan, SB Novo mesto, predsednica Odbora bolnišnične dejavnosti
Namestnik: dr. Denis Tomše, ZD Trbovlje, predsednik Komisije Odbora osnovne zdravstvene dejavnosti
Člani:
prof. Anton Crnjac, UKC Maribor, zastopnik Univerzitetnega kliničnega centra Maribor
doc. dr. Marko Jug, UKC Ljubljana, zastopnik Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana
Dimitrij Klančič, Splošna bolnišnica dr. Franca Drganca Nova Gorica, predsednik Skupščine
Petra Kokoravec, ZD Nova Gorica, predsednica Odbora osnovne zdravstvene dejavnosti
Branko Gabrovec, NIJZ, predstavnik Nacionalnega inštituta za javno zdravje
Andraž Jakelj, OI Ljubljana, predsednik Odbora terciarne dejavnosti
dr. Bojan Zalar, UPK Ljubljana, predsednik Odbora psihiatrične bolnišnične dejavnosti
izr. prof. prim. dr. Jernej Završnik, ZD dr. Andreja Drolca Maribor, predsednik Odbora zobozdravstvene dejavnosti
mag. Emil Žerjal NLZOH, predstavnik Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano
Odbor terciarne dejavnosti se vključuje v dogovarjanje in odločanje o delu splošnega dogovora za njegovo dejavnost v sklopu Odbora bolnišnične dejavnosti.
Predsednik: Andraž Jakelj, OI Ljubljana
Namestnik: nezasedeno mesto
Člani: predstavniki terciarnih ustanov
Odbor bolnišnične dejavnosti ima pristojnost odločanja o delu splošnega dogovora za izvajanje programov in oblikovanje cen zdravstvenih storitev na sekundarni ravni in na terciarni ravni.
Predsednica: doc. dr. Milena Kramar Zupan, SB Novo mesto
Namestnik: Dimitrij Klančič, Splošna bolnišnica dr. Franca Drganca Nova Gorica
Člani: predstavniki bolnišnic
Odbor psihiatrične bolnišnične dejavnosti se vključuje v dogovarjanje in odločanje o delu splošnega dogovora za njegovo dejavnost v sklopu Odbora bolnišnične dejavnosti.
Predsednik: prof. dr. Bojan Zalar, Univerzitetna psihiatrična klinika Ljubljana
Namestnik: nezasedeno mesto
Člani: predstavniki psihiatričnih bolnišnic
Odbor osnovne zdravstvene dejavnosti ima pristojnost odločanja o delu splošnega dogovora za izvajanje programov in oblikovanje cen zdravstvenih storitev na primarni ravni.
Predsednica: Petra Kokoravec, ZD Nova Gorica
Namestnik: dr. Denis Tomše, ZD Trbovlje
Člani: predstavniki zdravstvenih domov
Odbor zobozdravstvene dejavnosti se vključuje v dogovarjanje in odločanje o delu splošnega dogovora za njegovo dejavnost v sklopu Odbora osnovne zdravstvene dejavnosti.
Predsednik: doc. dr. Jernej Završnik, ZD dr. Andreja Drolca Maribor
Namestnik: mag. Darko Tomšič, Zdravstveni dom Zobozdravstveno varstvo Nova Gorica
Člani: predstavniki zobozdravstvene dejavnosti
Komisija Odbora osnovne zdravstvene dejavnosti obravnava vprašanja s področja primarne zdravstvene ravni in sprejema mnenja ter predlaga Odboru osnovne zdravstvene dejavnosti in ostalim organom rešitve za odločitve o strokovnih vprašanjih s svojega delovnega področja.
Predsednik: dr. Denis Tomše, ZD Trbovlje
Namestnica: prim. Irena Vatovec, ZD dr. Franca Ambrožiča Postojna
Pravna komisija obravnava vprašanja s pravnega področja na področju zdravstva, sprejema mnenja ter predlaga Upravnemu odboru in ostalim organom rešitve za odločitve o strokovnih vprašanjih na pravnem področju.
Predsednica: Zdenka Kralj, SB Novo mesto
Namestnica: Vesna Meglič, Osnovno zdravstvo Gorenjske
Člani:
Bronja Vilč, SZOZD
Mojca Urbanič, SB Izola
Vesna Meglič, OZG Kranj
Samo Zorko, SB Brežice
Marko Špoljarič, UKC Ljubljana
Miha Mohorko, ZTM
Andreja Hojnik Šlamberger, UKC MB
Redy Petrović Mihelič, ZD Maribor
Mateja Kar Dcosta, ZD Murska Sobota
Barbara Kobal, SB Nova Gorica
Zdenka Kralj, SB Novo mesto
Sabina Hovnik, ZD Ravne
Ekonomska komisija obravnava vprašanja s svojega področja in sprejema mnenja ter predlaga Upravnemu odboru in ostalim organom rešitve za odločitve o strokovnih vprašanjih na ekonomskem področju.
Predsednik: Robert Senica, UKC LJ
Namestnik: Mirko Majhenič, UKC MB
Člani:
Alenka Obrul, ZD Celje
Nevenka Romih, SB Izola
Maja Bertoncelj, SB Jesenice
Kornelija Bibič, SB Brežice
Robert Senica, UKC LJ
Boštjan Kušar, Slovenija Transplant
Mirko Majhenič, UKC MB
Marko Turčin, ZD Maribor
Marjan Maček, SB Murska Sobota
Sonja Komel, ZD Nova Gorica
Cvetka Barbo, SB Novo mesto
Metka Jevšenak, B Topolšica
Komisija za informacijske sisteme obravnava vprašanja s svojega področja in sprejema mnenja ter predlaga Upravnemu odboru in ostalim organom rešitve za odločitve o strokovnih vprašanjih na področju računalniško podprtega zdravstveno informacijskega sistema na aplikativni, medicinski, poslovni in komunikacijski ravni.
Predsednik: Marko Oberstar, Bolnišnica Topolšica
Namestnik: Janko Petek, Zdravstveni dom dr. Adolfa Drolca Maribor
Člani:
Uroš Godec, ZD Celje
Branko Veladžič, OB Valdoltra
Gregor Torkar, SB Jesenice
Rebeka Gašparin, SB Brežice
Blaž Suhač, UKC LJ
Matjaž Drev, NIJZ
Aleš Turk, UKC MB
Janko Petek, ZD Maribor
Simon Gašpar, SB Murska Sobota
Armin Makovec, SB Nova Gorica
Vanja Cekuta, SB Novo mesto
Marko Oberstar, Bolnišnica Topolšica
Komisija za notranji nadzor obravnava vprašanja s svojega področja in sprejema mnenja ter predlaga Upravnemu odboru in ostalim organom rešitve za odločitve o strokovnih vprašanjih na področju notranjega nadzora.
Predsednica: Damjana Žun, OZG Kranj
Namestnica: Vlasta Zupanič Domajnko, ZD Ormož
Člani:
Marija Flašker, ZD Celje
Metka Brnetič Primc, OB Valdoltra
Damjana Žun, OZG
Ana Pavlin, ZD Brežice
Barbara Blatnik Flerin, UKC LJ
Anja Ocepek, ZD Domžale
Kristina Kuhanec Tratar, NIJZ
Darja Petač, ZD Lenart
Vlasta Zupanič Domajnko, ZD Ormož
Natalija Zrim, SB Murska Sobota
Helena Škufca, SB Novo mesto
Janez Sevčnikar, Bolnišnica Topolšica
Komisija za kakovost obravnava vprašanja svojega področja in sprejema mnenja ter predlaga Upravnemu odboru in ostalim organom rešitve za odločitve v zvezi s kakovostjo izvajanja zdravstvenih storitev ter v okviru le-tega pripravlja standarde in normative za izvajanje zdravstvenih storitev ter predlaga organizacijo posameznih služb.
Predsednica: Sandra Jerebic, SB Jesenice
Namestnik: Luka Ficko, SB Novo mesto
Člani:
Mateja Agrež, SB Celje
Nives Rener, SB Izola
Sandra Jerebic, SB Jesenice
Rok Škvarč, SB Brežice
Dominika Oroszy, UKC LJ
Jurij Švajger URI Soča
Gabrijela Perić, UKC MB
Tamara Lubi, ZD Maribor
Zdenka Gomboc, SB Murska Sobota
Polona Likar, SB Nova Gorica
Luka Ficko, SB Novo mesto
Mojca Knez, SB Slovenj Gradec